在使用知网查重时，如果遇到文件名称过长的情况，可以尝试将文件名称缩短至合适长度，避免超出系统限制。另外，也可以尝试将文件拆分成多个较短的文件进行查重，以确保系统正常运行。同时，及时清理无关文件，保持系统整洁，有助于提高查重效率。

除此之外，还可以尝试使用压缩文件的方式，将文件进行压缩后再进行查重，既可以解决文件名称过长的问题，又可以减小文件大小，提高上传和查重速度。另外，定期清理系统缓存和临时文件，也是保持系统稳定性和高效运行的重要步骤。